所谓的二氧化氯使用方式，主要是指二氧化氯的投加点和投加量。二氧化氯作为强氧化剂和消毒剂，其性能要高于氯气。因此，二氧化氯可以作为水厂的单一消毒剂。但当考虑到不同消毒剂的特性及经济因素时，二氧化氯和其他消毒剂的联合使用往往会取得更佳的处理效果和更低的处理成本。
一般二氧化氯作为单一消毒剂时，投加点应在过滤之后，并应在进入清水池前保证与原水的充分混合。投加量一般应控制在2ppm之内。对一些污染严重的水源，单独采用二氧化氯消毒，会使投加量上升至3-5ppm，如在宁夏某水厂的应用实践表明，单独使用二氧化氯消毒时，要满足出水卫生指标合格的投加量平均为4.1ppm。这一方面增加了水厂的制水成本，另外也大大增加了消毒后出水中剩余亚氯酸根的含量。因此在这种情况下，采用两种消毒剂联合投加会取得最佳的处理效果。
某些污染较重的水源具有较大的推广价值，这个工艺具有以下两大优点。一是二氧化氯在混凝前与混凝剂同时投加，不仅可以通过氧化作用去除水中能产生三卤甲烷前体物(如腐殖酸和黄腐酸等等)，还可以改善胶体颗粒带电性能，从而达到助凝作用。使沉淀、过滤的处理效率得到提高。预氧化投加二氧化氯的量一般控制在0.5-1.0ppm。二是滤后投加氯气作为消毒剂，用来控制水中的细菌学指标。氯气的投加量可以降低，不仅最大程度减少了水中三卤甲烷的形成量，也可保证水中余氯持续的杀菌活力，操作检测简单，运行费用低。
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